Ses études secondaires terminées, Pierre Cogen suit un cycle d'études supérieures de philosophie et entreprend parallèlement une formation musicale complète - orgue et improvisation, théorie et composition, pédagogie et direction chorale - sanctionnée par de nombreux diplômes. Ses maîtres seront Jean Langlais, Edouard Souberbielle, Jean Lemaire, Yvonne Desportes, Eliane Chevalier, Raymond Weber. Il suivra des cours auprès d'André Fleury et Pierre Cochereau.

Organiste liturgique dès l'âge de 14 ans, Pierre Cogen exerce cette fonction pendant près de 50 ans (1945 - 1994), d'abord dans les séminaires parisiens de Conflans et d'Issy, puis à l'église Sainte-Geneviève des Grandes Carrières, au pied de la butte Montmartre. Là également, il fonde et dirige pendant quatorze ans une manécanterie de petits chanteurs (1952 - 1966). Enfin, il est nommé en 1976 organiste du grand orgue de la Basilique Sainte-Clotilde, instrument célèbre, construit au XIXème siècle par Aristide Cavaillé-Coll, qui a vu se succéder César Franck, Gabriel Pierné, Charles Tournemire, Joseph Ermend-Bonnal, Jean Langlais, tous compositeurs.

Organiste concertiste, Pierre Cogen donne de nombreux récitals et participe à de multiples concerts tant en France qu'à l'étranger. Proposant le plus souvent des programmes étendus et variés, il lui arrive aussi d'être sollicité pour interpréter plus spécialement les oeuvres de ses prédécesseurs à Sainte-Clotilde, et leur consacre plusieurs enregistrements.

Professeur d'orgue et d'improvisation, d'harmonie et contrepoint, d'éducation musicale et chant choral, il enseigne pendant plus de 40 ans (1951 - 1993) dans plusieurs établissements parisiens, particulièrement à l'Ecole Alsacienne de Paris et au Conservatoire Maurice Ravel de Levallois.
Compositeur, son catalogue comporte des pièces pour orgue, ainsi que des compositions pour diverses formations instrumentales ou vocales.

En 1994, la retraite l'amène à quitter tous les postes occupés jusqu'alors. Depuis, il consacre l'essentiel de son temps à ses activités de compositeur et de concertiste. Chargé de cours, il continue à donner des master-classes et à participer à diverses académies, en France et à l'étranger, tant pour l'enseignement de l'interprétation que pour celui de l'improvisation. Il est sollicité également pour participer aux jurys de divers concours internationaux.

Depuis septembre 2003, Pierre Cogen est Président de la Fédération Francophone des Amis de l'Orgue (F.F.A.O.)