La même année, il est lauréat du Concours International d'Orgue de Toulouse, et en 1997, il obtient le 1er Prix d'Honneur au Concours International de l'UFAM à Paris.
En 1999, il remporte le 2ème Prix au Concours International d'Orgue de Biarritz, ainsi que le Prix André Marchal (meilleure interprétation de musique ancienne), et le Diplôme d'État de professeur d'orgue.

Cette même année, il est nommé organiste titulaire à l'église Saint-Jean-Baptiste-de-Grenelle à Paris. Par ailleurs, il a été l'instigateur de la rénovation de l'orgue Rinckenbach de l'église Saint-Etienne de Cernay (Haut-Rhin), dont il est également titulaire depuis 1985. C'est sur cet instrument qu'il a enregistré, pour la firme Calliope, ses deux premiers CDs, consacrés à l'oeuvre d'Alexandre GUILMANT. Ces disques, salués par la critique musicale spécialisée, ont obtenu chacun une récompense de cinq Diapasons, rehaussée de 4 Etoiles du "Monde de la Musique" pour le second; celui-ci a récemment illustré la couverture du "Magazine Orgue" (revue trimestrielle belge), titrée: "Le Guilmant d'Alsace: un grand cru!".

Mathieu FREYBURGER donne des concerts en France et à l'étranger, tant en soliste, qu'avec des ensembles instrumentaux ou vocaux. Il s'est produit notamment avec choeur et orchestre sous la direction de Michel PIQUEMAL, ainsi qu'avec l'Orchestre du Capitole de Toulouse, sous celle du jeune chef canadien Yannick NEZET-SEGUIN, dans le cadre du Festival International "Toulouse les orgues".